Je devrais pas mais j’ai pas pu résister à cette figure sur la vaccination.

Vacciner ou ne pas vacciner ?

Voici une figure qui répondra à l’intérêt de la vaccination de masse aux pays-bas. Chacun la lira comme il voudra. Certains y verront une démonstration de l’absence d’intérêt de la vaccination contre la rougeole, d’autres une confirmation de l’intérêt de la stratégie vaccinale de masse.

En bleu, le pourcentage de la maladie comme cause de mortalité infantile, en rouge la couverture vaccinale.

mortalité_vaccinLes auteurs concluent à l’efficacité de la stratégie pour réduire la mortalité infantile de la vaccination. Elle a sauvé 9000 vies de petits néerlandais (essentiellement de la coqueluche et de la diphtérie).

vaccinationCet article montre l’intérêt de la stratégie vaccinale quand il existe une forte fréquence de la mortalité du à la maladie infectieuse en question. Ceci explique l’absence d’impact du ROR en terme de population surtout pour la rougeole. La mortalité due à cette maladie avait quasiment disparu avant la vaccination. Pour comprendre le phénomène, je vous renvoie à cette note, vous pouvez remplacer test diagnostic par vaccination.

Personnellement, j’aime bien le concept de vaccination. J’ai fait vacciner mes enfants contre tout ce qui était possible. Je suis assez convaincu de l’innocuité de l’approche vaccinale.J’adore me faire vacciner contre la grippe chaque hiver. Je pense qu’il est bien de se faire vacciner. Par contre, je suis, à l’heure actuelle, en France, contre l’obligation vaccinale. Chacun devrait avoir le choix de se faire vacciner ou pas en prenant ses responsabilités pour lui et sa progéniture. Il faut donner une information équilibrée loin du sensationnalisme dans les deux sens. Aucun vaccin n’est responsable de l’autisme, par contre l’alimentation bio c’est une autre histoire 😉

capture-d_c3a9cran-2014-12-31-c3a0-17-36-40De la même façon ne pas vacciner son enfant contre la rougeole ne fait pas de vous un dangereux irresponsable criminel.

Par contre dans les pays, où la mortalité de la rougeole est encore élevée assurer une bonne couverture vaccinale est essentielle.

J’ai eu tort de faire cette note. Les anti et les pro vont me traiter de collaborateurs et d’inconscients. J’attends mon point godwin de fascistes provaccination et d’antiscientifiques antivacc.

Vous trouverez l’article ici.

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Esclavage aux USA

J’ai découvert ces cartes sur ce site. Il faut les lire tranquillement pour mesurer ce que représentait l’esclavage aux USA de 1790 à 1870. Vous voyez bien. Il y a des endroits où la population humaine transformée en objets représentait 95% de la population totale. Dans les états du sud elle représentait en moyenne 30% de la population. Derrière ces chiffres, il y a des hommes et des femmes. La guerre civile américaine s’est terminée en 1865.

slavery1790

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Mon test est positif, est ce que je suis malade ?

La décision partagée est un des paradigmes de la modernité dans le soin. Il s’agit d’un très beau concept, comme le consentement éclairé. Le point commun est de pouvoir donner une information claire et pas trop biaisée au patient pour que le choix d’être dépisté, de recevoir un médicament ne soit pas influencé uniquement par les opinions de l’individu en face ou du site internet.

J’avais déjà présenté un article du NEJM sur le dépistage du cancer du sein et la perception biaisée que nous pouvons avoir des bénéfices de cette pratique. Ce travail montre la difficulté de bien présenter le risque exprimé en terme statistique. Dans le numéro de Science du 22 avril, un remarquable article de deux pages me semble indispensable à lire pour tout médecin qui veut donner une information claire sur le risque à partir de statistiques.

Une question très pratique; 0,1% de la population présente une maladie, un test détecte 99% des malades mais dans 5% des cas le test est positif alors que les personnes ne sont pas malades. Si le test est positif quel est la probabilité que vous soyez malade?

Vous pouvez le présenter sous trois formes, utilisation du théorème de Bayes (un bon moyen de garder votre aura), un organigramme et un pictogramme. J’ai le sentiment que la meilleure représentation est la dernière, même si j’aime beaucoup la deuxième.

Pour la première, je vous renvoie à l’article.

Pour la deuxième vous aurez quelque chose dans ce genre: proba testPour la troisième ça;

probapictLa réponse dans tous les cas sera 2% et vous qu’aviez vous répondu à la question ?

Si on vous propose le dépistage d’une maladie touchant dans la population 1 personne sur 1000, si il y a 5% de faux positif et en pratique pas de faux négatif, la probabilité que vous soyez malade si le test est positif est de 2%. Ce qui veut dire qu’il faudra faire quelques examens complémentaires pour avoir une certitude. Vous devrez décider si vous rentrez dans la danse. Les bonnes questions à poser à votre médecin est quelle est la fréquence de la maladie dans la population dont je suis issu et combien de faux positifs avec le test?

Les représentations graphiques peuvent être utiles mais une bonne explication ne se cachant pas derrière les chiffres, aussi.

Il s’agit d’un très bon exemple de l’importance de l’enseignement des statistiques en médecine. Je suis un peu déprimé quand je vois seulement 8 étudiants en DFGSM3 durant le cours de statistique alors que c’est le seul cours pour lequel l’amphi devrait être plein.

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Pourquoi tant de haine ?

CKDe_IRACette note n’a qu’un but, définir ce qu’est une insuffisance rénale aigue. Je vous ai fourni une petite boite à outils pour avoir un avis néphrologique. J’aimerai maintenant qu’elle soit bien utilisée.

Nous avons réussi un truc, on ne nous parle plus qu’en débit de filtration glomérulaire estimé. C’est très bien quand le patient est à l’état stable. Par définition l’insuffisance rénale aiguë n’est pas un état stable. La fonction rénale se dégrade puis s’améliore. Utiliser une formule pour estimer le DFG chez un patient avec une insuffisance rénale aiguë traduit une incompréhension profonde de comment ces formules ont été construites et de ce qu’est une insuffisance rénale aiguë.

Il existe une définition de l’insuffisance rénale aigue, elle a été établie par KDIGO en 2012. Il faut utiliser uniquement cette définition. Elle repose sur un delta de créatinine ou la diurèse horaire.

On parle d’insuffisance rénale aigue quand:

  • La créatininémie a augmenté de 26,5 µmol/l en 48heures, ou

  • La créatininémie a augmenté de 50% en 7 jours.

defAKIVotre patient avec une créatinine à 60 µmol/l, si la semaine suivante il a 90 µmol/l, il faudra rechercher une cause d’insuffisance rénale aiguë. Par contre si votre patient à 200 µmol/l, le fait qu’en une semaine il passe à 250µmol/l ne nécessite pas forcement la mise en branle du plan Orsec. Mon attitude est de recontrôler la créatininémie dans les 48 heures, si elle a augmenté de 26,5 µmol/l, vous pourrez parler d’insuffisance rénale aiguë.

Cette définition, comme toute les définitions réductrices, est imparfaite. Elle a le mérite d’exister et de permettre d’avoir un guide satisfaisant et rassurant. Par pitié, ne me parlez plus de variations du DFGe devant des variations de créatininémie sur quelques jours. C’est un mauvais outil et il n’est pas utilisable pour définir une insuffisance rénale aigue. Le DFGe sert à classer les maladies rénales chroniques, pas les aigues.

J’espère que ceci simplifiera la communication avec cette espèce bizarre, le rognonologue.

 

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Pejac ou le street art que tu n’enfermeras pas dans une galerie

Ce mec a un talent hallucinant.

Vous lui donnez un mur dans un camps de réfugiés palestinien en Jordanie, un cutter et il fait ça. C’est beau, poétique, émouvant.

La classe.

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« L’invasion sans pareille » de Jack London

J’aime bien Jack London, pas tellement celui des histoires du grand Nord, plutôt celui de Martin Eden. Pendant une errance librairophile, j’ai découvert un de ses texte publié chez les éditions du Sonneur. Cette nouvelle est une uchronie.

La Chine en 1976 est devenue un pays majeur avec des visées expansionnistes. Progressivement, elle grignote ses voisins. Les autres nations prisent de peur décident de la détruire en utilisant l’arme bactériologique. L’attaque est couronnée de succès. London décrit avec talent les conditions géopolitiques, la guerre bactériologique et ses conséquences. Ce texte a été écrit en 1910.

Il est troublant. Je l’ai lu avec mon regard de 2016. Il parait prémonitoire de l’ascension économique chinoise. Le talent de London est de décrire non pas une Chine belliqueuse montrant les muscles, mais une Chine atelier du monde, industrieuse et productiviste qui s’étale de façon naturelle. Le texte en 2016 tape très juste.

J’ai imaginé sa réception en 1910, la chine est exsangue, le Japon conquérant, ce texte devait parler au contemporains. Il a du  être totalement oublié, comment imaginer une Chine gagnante dans les années 20 et 30, dans l’après guerre et la période maoïste, un géant sans une économie fiable. Ce texte devait paraitre totalement sans intérêt. London n’avait rien compris. Même en 1976 comment imaginer le succès économique chinois? Quarante ans plus tard, la lecture parait d’une actualité brulante. La Chine semble promise à dominer le monde. La réponse du reste du monde parait bien évidemment totalement improbable.

Il est fascinant est de voir comment l’évolution de l’histoire peut transformer la façon dont nous pouvons appréhender une œuvre de fictions. Ce texte m’a fait penser à tout ces scientifiques qui ont eu raison bien avant leurs prédécesseurs. Il est difficile d’avoir raison avant la mode. En science, comme ailleurs, j’imagine il y a 20 ans les pauvres chercheurs qui déposaient des projets sur le microbiote, combien ont du voir leurs projets refusés par des experts brillants qui disaient qu’ils ne comprenaient rien et que les bactéries du tube digestif ne pouvaient pas faire grand chose. J’en connais un qui regrette un peu d’avoir raté ce train. L’expertise est difficile. Elle devrait rendre humble, malheureusement j’ai l’impression qu’elle rend arrogant et intolérant. Un art difficile que de trouver le bon timing pour sortir du bois et être dans l’ambiance qui vous permettra d’avoir les financements pour travailler. J’aimerai un jour ne pas être à contre temps.

J’aime ce petit texte, il nous rappelle que nous ne décidons pas de notre postérité. J’en profite pour vous conseiller l’écoute de la compagnie des auteurs sur Herman Melville.

« Je préférerai ne pas. »

« I would prefer not to. »

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Continuons à manger du beurre sans trop d’angoisse

Si l’article précédant ne vous a pas donnée envie de lire durant cette fin de semaine, j’espère que vous irez vous plonger dans les 17 pages de cet article et 46 de données supplémentaires.

Ce papier du BMJ est un must read. Il s’agit de la présentation des données du plus grand essai randomisé d’intervention diététique dans le domaine de l’hypercholestérolémie: la Minnesota Coronary Experiment (MCE).

Le message de  l’article est simple:

Remplacer les lipides d’origine animale par des protéines végétales (acide linoléique) permet de faire diminuer le cholestérol mais n’a pas d’impact positif sur la survie en particulier cardio-vasculaire. Les données de MCE sont confortées par une méta-analyse des essais randomisés dans le domaine.

F7.largeCet article, il faut le lire. Il remet en cause le dogme, je mange du gras animal, j’ai du cholestérol , je meurs et bien évidement l’inverse qui est je remplace le gras animal par du végétal, moins j’ai de cholestérol, moins je meurs. Une discussion inutile de moins à avoir avec ses patients sur le fait de remplacer le beurre par de la margarine de tournesol bien dégueulasse ou de ne pas manger le jaune d’œuf, etc. Ceci ne veut pas dire qu’il faut se gaver de viande bien grasse, mais juste que pour réduire son risque cardiovasculaire remplacer le gras de bestiole par du gras de végétaux (mais, tournesol) est sans intérêt.

Le régime méditerranéen est le seul régime ayant montré un bénéfice dans un essai randomisé assez bien fait. L’huile d’olive, c’est bon pour la santé.

Il faut lire cet article, car c’est une très belle aventure intellectuelle. Cet essai a été réalisé dans les 1968 à 1973. Les résultats intégraux n’avaient pas été publiés jusqu’à présent. La lecture des matériels et méthodes se lit comme un roman policier. Les supplementary data sont passionnantes. Je n’avais pas lu un article de recherche clinique aussi excitant depuis longtemps dans le domaine du cholestérol.

J’imagine le casse tête pour récupérer les données codées en FORTRAN, l’analyse des bandes magnétiques obsolètes, un vrai travail d’historien de la donnée.

MCE_TAPECet essai ne pourrait plus être fait aujourd’hui, recrutement uniquement dans une maison de retraite et dans 6 hôpitaux psychiatriques, pas de consentement signé des patients. Cet étrange recrutement, uniquement institutionnel, est une force car l’alimentation des résidents pouvait être normalisée. Il est sur que les patients ont été exposés au régime. Ce papier est impressionnant et un peu terrifiant. Il était à la pointe de la technologie de l’époque, lisez la méthode d’allocation du régime en double aveugle, c’est très fort. Encore une fois, la médecine a utilisé des corps vils, ici, celui des malades mentaux. Quand on voit que pour les 2500 personnes ayant reçus pendant plus de un an le régime, il existe une tendance à l’augmentation de la mortalité, nous mesurons comme il n’est jamais éthique lors d’une intervention de ne pas recueillir le consentement éclairé du patient.

F6.largeCet article donne un sacré coup à l’approche diététique de la prise en charge de l’hypercholestérolémie. Elle ne tue pas le rôle de l’hypercholestérolémie dans l’induction des pathologies cardiovasculaires. Elle  montre juste que les changements de diététique ont des implications plus complexes que nous ne l’imaginons.

Un très grand article, je vous en conseille la lecture attentive et intégrale, un très agréable moment de science à hauteur d’homme. Lisez le témoignage émouvant du fils du créateur de cette étude, Ivan Frantz (les deux premières pages des données supplémentaires).

Je déclare un grave conflit d’intérêt. J’ai une hypercholestérolémie et j’ai renoncé depuis plus de 20 ans à tout régime. Cet article conforte mes pratiques alimentaires déviantes de la doxa diététique.

Note rédigée avec l’aide du très beau dernier album de Sébastien Texier : « Dreamers ».

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Une histoire d’hommes et de femmes.

Si vous ne savez pas quoi lire cette fin de semaine, même si vous savez quoi lire d’ailleurs, je vous conseille la lecture de ce formidable article du New York Times.

Georgetown University Mascot Hoyas" Georgetown design on iPhone 5s ...

Il raconte comment une des plus prestigieuses universités américaines, Georgetown, a été sauvée par la vente de 272 esclaves. Cette université était gérée par des jésuites. Vous lirez comment les familles ont été séparés, comment ces hommes et femmes ont été maltraités, comment aucun des engagements pris n’ont été tenus, comment ce pays, ses plus grandes institutions se sont construits sur le corps d’hommes et de femmes qui n’avaient qu’un tort celui d’avoir un épiderme un peu plus foncé que le mien.

Vous découvrirez la recherche des descendants de ces 272 personnes, en particulier ceux de Cornelius, et la rencontre de son arrière-arrière petite fille avec ses origines.

Cet article est terriblement émouvant.

Il est une illustration tragique du propos de Ta-Nehisi Coates dans « Une Colère Noire ».

Bonne lecture et n’oublions jamais que l’occident a construit sa richesse sur l’exploitation des corps vils.

In 1838, the Jesuit priests who ran the country’s top Catholic university needed money to keep it alive. Now comes the task of making amends.

Source : 272 Slaves Were Sold to Save Georgetown. What Does It Owe Their Descendants?

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La résilience appliquée à la génomique

J’ai fait un peu de génomique dans une autre vie professionnelle. Je m’intéressais à une maladie génétique de transmission autosomique dominante, la polykystose rénale autosomique dominante. La première mutation que j’ai identifié comme jeune thésard était un magnifique polymorphisme, prédit comme pathogène par tous les joujous bioinformatiques de prédictions, sauf qu’il était aussi présent chez des personnes indemnes de la maladie. Cette première expérience m’a appris la prudence quand à l’interprétation des données de génomique et en particulier des mutations faux-sens surtout si il n’y a pas de possibilités de faire une analyse fonctionnelle de la protéine mutée.

La polykystose rénale autosomique dominante a de plus une expressivité phénotypique variable d’un patient à l’autre au sein d’une même famille. Ceci apprend l’humilité quand à la signification pour un individu d’avoir une mutation pathogène. La PKD est en partie une maladie récessive à l’échelon moléculaire nécessitant des conditions environnementales particulières pour pleinement s’exprimer. Le rôle de gènes modificateurs est probable.

Je suis ainsi convaincu depuis longtemps que nous ne nous résumons pas à la séquence de nos gènes, ou plutôt nous ne nous résumons pas à l’analyse simpliste que nous faisons de notre séquence génomique. Les interactions entre gènes, entre gènes et environnement sont des dimensions que nous ne pouvons pas négliger.

La puissance de la génomique m’impressionne toujours autant. L’émergence des nouvelles techniques de séquençage, combinée à l’explosion de la puissance de calcul des ordinateurs et la sagacité des bioinformaticiens pour produire des algorithmes nous apportent des informations passionnantes.

Un papier récent dans nature biotechnology illustre bien l’intérêt de ces approches massives mais aussi leurs limites. Les auteurs ont fait le pari qu’ils pourraient identifier dans le monceau de données de génotypage produites depuis une bonne dizaine d’années des personnes saines avec des mutations dans des gènes qui doivent entrainer un phénotype grave. L’idée est que l’analyse de ces résilients du génome malade pourraient offrir des pistes intéressantes pour la mise au point de nouvelles approches thérapeutiques dans ces maladies graves. Il a été analysé 589306 génomes. Les données viennent d’une douzaine de sociétés ou de programmes publiques de génotypage. C’est un mix de données de puces de génotypage, d’exomes et de séquençage génome complet. Les auteurs ont défini un set de maladies génétiques mendéliennes d’expression pédiatrique. Ils ont utilisé des algorithmes pour identifier les mutations dans ces gènes et les personnes qui déclaraient être en bonne santé. Après de l’analyse automatique, il y a un filtrage manuel, pour retenir 13 individus adultes avec des mutations homozygotes dans des gènes responsables de maladies graves d’expression pédiatrique. Les mutations identifiées sont pathogènes sans aucun doute.

Les auteurs ont fait la preuve que leur approche était pertinente pour identifier des résilients. Le ratio 13/590000 est faible mais expliqué par la stringence des critères imposés. Il est probable qu’une bonne centaine de personnes présentent dans ce data set une résilience.

Ce travail est remarquable de rigueur, impressionnant par la quantité de données analysées et passionnant par le champs de recherche qu’il ouvre. Il replace bien la problématique actuelle de la génomique et du séquençage massif qu’on promet comme alpha et omega de la médecine du futur. Tout est dans l’interprétation. Quand on voit que pour des maladies graves comme la mucoviscidose, le syndrome de Smith-Lemli-Opitz ou l’épidermolyse bulleuse des individus porteurs de mutations peuvent vivre apparemment sans problème, du moins sans s’en plaindre, nous devons être très prudent sur notre capacité à l’échelon individuel d’interpréter la présence de polymorphismes.

La compréhension de ces phénomènes de résilience, génomique, épigénétique, environnementaux, est l’étape suivante. Cet article ouvre des perspectives inimaginables. Il nous laisse aussi sur notre faim, car les 13 personnes résilientes n’ont pu être contacté, ne serait ce que pour vérifier qu’il n’y a pas eu une erreur lors du prélèvement, lors du codage de l’échantillon ou simplement qu’elles n’ont pas déclaré le fait d’être malade tout bêtement.

Ce remarquable papier, pour le clinicien de base ras des pâquerettes que je suis, a une limite majeure, l’absence d’analyse phénotypique vraie des patients. Nous pensons qu’ils sont résilients car rien n’est déclaré mais peut être qu’ils ont des problèmes. Celui avec des mutations dans CFTR (le gène de la mucoviscidose) fait peut être des bronchites à répétitions ou il a une stérilité ou,ou,ou… Nous n’en savons rien. Ce papier va faire les gros titres des journaux, il est un géant aux pieds d’argile. Ce serait vraiment bien si les auteurs pouvaient retrouver les 13 heureux résilients, pour que la belle histoire soit pleinement convaincante.

Je finirai en paraphrasant le mari d’une candidate à la présidence des USA.

It’s the phenotype, stupid.

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Les hôpitaux les mieux notés par les patients sont ceux où la mortalité est la plus faible.

This study investigates whether hospitals with more stars (on the Centers for Medicare and Medicaid Services rating system) have lower risk-adjusted 30-day mortality and readmissions than hospitals with less stars.

Source : JAMA Network | JAMA Internal Medicine | Association Between the Centers for Medicare and Medicaid Services Hospital Star Rating and Patient Outcomes

Je viens de faire une magnifique titre digne d’un tabloïd britannique.

Je vous conseille de regarder les caractéristiques des hôpitaux 5 étoiles, vous comprendrez immédiatement les limites de ce papier.

Il de petits hôpitaux, ne faisant pas d’enseignement, à but lucratif et surtout sans unités de soins intensifs. Je ne doute pas que l’analyse statistique fut ajustée, mais j’ai du mal à croire qu’un ajustement puisse corriger les caractéristiques probablement très différentes des patients recrutés dans ces structures qui n’ont rien à voir.

Je ne crois pas que la revue sorte grandie de publier ce truc. J’imagine que le but ici est plutôt d’augmenter l’impact de la revue qu’autre chose.

Faites vous votre idée, vous même.

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