Semaine 37

Ma petite revue de web est de retour. J’ai failli arrêter, mais après cette chronique, j’ai eu des scrupules. Merci à l’auteur et à celui qui me l’a fait découvrir.

Médecine

Impressionnant article dans le BMJ (plus de 2 000 000 de patients analysés) qui montre que l’inflammation avant une intervention chirurgicale augmente de façon importante le risque de thrombose. La véritable nouveauté de l’article est de montrer une relation entre sévérité de l’inflammation (ici essentiellement d’origine septique) et le risque thrombotique veineux. Il existe aussi une relation avec le risque de thrombose artérielle aussi bien au niveau coronarien que vasculaire cérébral. Cet article fera date et doit nous inciter à réfléchir sur des attitudes de prévention de la thrombose modulées par le niveau d’inflammation préopératoire. Un regret l’absence d’ajustement en fonction d’un facteur de risque reconnu de thrombose, l’insuffisance rénale chronique.

Jolie revue de la littérature sur les relations tube digestif-rein. Un sujet en pleine explosion, qui fait espérer des avancées importantes pour les patients.

Dans science, une nouvelle maladie associant hypogammaglobulinémie, cytopénies autoimmunes, infiltration tissulaire par une prolifération lymphocytaire essentiellement T (poumons, cerveau). Cette nouvelle maladie est secondaire à une mutation hétérozygote dans les gène codant pour CTLA4. Une protéine importante dans la régulation de la réponse immune, c’est le frein pour faire simple. Cet article est très intéressant car en clinique nous commençons à avoir des outils qui permettent de manipuler cette voie de signalisation.

Aux USA, la réadmission d’un patient après une hospitalisation entraine des pénalités. Des auteurs montrent que ce phénomène ne concernent pas que la qualité des soins mais est aussi lié à des facteurs économiques et sociaux. Ce n’est pas un grand scoop, il est plus difficile de prendre en charge des populations défavorisées que des cadres supérieurs. Cette lettre a le mérite de le montrer. Les implications pour un système de santé sont importantes car si on étouffe les hôpitaux, au nom de la sacro-sainte qualité, qui soignent les moins riches que se passera t il?

Quand on vous dit que la médecine, c’est aussi de la politique, encore un exemple dans le BMJ. Une étude quasi expérimentale qui compare la mortalité des pauvres si on leur accorde ou non le droit à un accès aux soins gratuits. Et que se passa t il dans cette état indien? Miracle, on réduisit la mortalité des pauvres quand on les soigna… Un article qui recadre très bien la problématique, on peut diminuer la mortalité mais ceci à un cout.

F4.largeDans science, une série d’articles sur le global health ou comment améliorer l’accès aux soins dans les pays les plus défavorisés. J’ai survolé quelques articles, ça a l’air très bien.

Je suis tout à fait d’accord avec ces auteurs pour abandonner le terme de maladie kystique de la médullaire au profit de Maladie Rénale Tubulointerstitielle Autosomique Dominante (MRTAD, en anglais ADTKD). Actuellement des mutations dans 4 gènes sont responsables de cette entité entrainant des insuffisances rénales chroniques entre 30 et 60 ans, UMOD, HNF1B, REN et MUC1. Il faut y penser devant toute insuffisance rénale chronique d’allure tubulointerstitielle, surtout si il y a un antécédent familial évoquant un mode de transmission dominant.

La consommation de cannabis c’est pas bon pour la santé mentale surtout quand on commence à l’adolescence. Faut juste en être conscient.

Science

Pour avoir un panorama presque complet de la recherche en néphrologie en France, c’est ici.

Et si donner de l’acétate devenait le futur traitement de l’anémie au cours de l’insuffisance rénale chronique? Un article récent de nature medicine le suggère. Les auteurs ont identifier une voie de stimulation de la production de l’erythropoiétine qui passe par HIF2 et ACSS2. Cette voie est stimulable par l’acétate. Ils montrent que chez des souris insuffisantes rénales l’anémie est corrigée par l’apport d’acétate. Ce très bel article de physiologie de l’érythropoièse illustre que la science fondamentale peut apporter des pistes simples pour la prise en charge de complications fréquentes des maladies rénales.

Très belle revue de la littérature sur les toxines urémiques, paracresyl sulfate et indoxyl sulfate par le maitre belge R. Vanholder qui prend sa retraite bientôt.

Le prochain commissaire européen chargé de la recherche sera un ingénieur puis banquier portugais de droite. Faut il s’en réjouir, s’en inquiéter, je n’en sais strictement rien. En tout cas il semblerait que le poste de conseiller scientifique indépendant va survivre à la fronde.

Divers

Splendide photo de la skyline de NYC en 1978.

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Je ne connaissais pas cette chanson du grand serge, j’aime bien l’interprétation.

Je ne connaissais pas celle ci non plus.

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« A la recherche de Vivian Maier » de John Maloof

Je ne vais jamais au cinéma, ou très rarement. Je suis allé voir un documentaire hier, tirer par ma femme, avec pour argument « ça parle de photos ». J’aime bien la photographie, même si je n’y comprends pas grand chose.

Vous avez forcément vu des images de Vivian Maier si vous regardez des blogs de photographies. Je ne vais pas vous raconter sa vie qui est le sujet du documentaire.

Je vais juste vous conseiller d’aller le voir pour deux raisons. La première est artistique, c’est un grand œil. Elle a un talent pour saisir l’instant exceptionnel. Découvrez ses images et vous comprendrez. Les voir sur grand écran est très agréable. La deuxième est professionnelle. Ce film est un formidable moment de sémiologie. Il est indispensable pour tout étudiant désirant comprendre un pan de la maladie mentale de le voir. La description sémiologique par les témoins de la vie de Vivian Maier est prodigieuse. En sortant de là vous connaitrez une pathologie psychiatrique.

Le film illustre encore une fois qu’il ne sert pas à grand chose de connaitre la vie d’un artiste pour appréciez son œuvre. Il est amusant de voir les photographes professionnelles parler de son empathie, de son émotion, alors que je suis convaincu que la force émotionnelle des photos de vivian Maier vient d’autre chose, d’une sensibilité très particulière ou de son absence. Pour moi, elle était une pellicule photographique. Elle saisissait de façon intelligente, technique, mais sans forcément y mettre ce que nous y mettons comme émotion. Son étrangeté, sublimée par le talent, fait la puissance évocatrice de ses clichés.

Le travail de John Maloof est fascinant et on ne peut que le remercier de nous avoir fait découvrir l’artiste et la femme.

 

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Quand big data est futile

La donnée est devenue le nouvel eldorado des chercheurs de pépites. L’utilisation des Big Data est en passe de devenir le graal du savoir médical. La récupération de grands jeux de données et leur moulinage dans des logiciels de statistiques doivent, si on en croit nos prophètes digitaux, résoudre tout les problèmes et combler toutes les failles de la connaissance. Le spécialiste, quand on veut lui faire là peau on l’appelle « expert », n’a qu’à bien se tenir. Sa parole n’aura aucun point face à l’avalanche de données. Au mieux, il servira à produire ces chiffres, au pire, c’est un emmerdeur réactionnaire qui s’oppose à l’avancée de la science et du business.

Je crois à l’utilisation de ces monceaux de données, je suis convaincu de l’intérêt de big data. Je pense juste qu’il faut parfois analyser les résultats à la lumière d’un truc qui parait un peu obsolète, mais qui est finalement important, qui s’appelle l’expérience clinique de terrain.

Un blogueur/twitoss m’a signalé ce tweet. Je le remercie chaleureusement.

tweet HDInquiétant, l’hémodialyse en urgence double le risque de mortalité, j’adore le Oops. Oh, la méchante technique qui tue les gens. Je suis aller jeté un coup d’œil sur l’article, ce qu’on devrait toujours faire avant de tweeter avec un Oops.

Le titre original est « Survival after Acute Hemodialysis in Pennsylvania, 2005–2007: A Retrospective Cohort Study » publié dans Plos One en Aout 2014. Brièvement, les auteurs ont utilisé un jeu de données reposant sur plus de deux millions d’admission entre 2005 et 2007. Ils ont identifié 6657 cas nécessitant de l’hémodialyse en urgence et ils ont comparé la survie de ces patients à la cohorte et quand même dans un deuxième temps, ils ont ajusté la comparaison avec un score de propension. Il s’agit d’une étude de registre donc les auteurs n’ont que les données présentent, en particulier, il ajuste sur la donnée insuffisance rénale aigue à l’entré, oui/non, sans tenir compte de la sévérité de cette dernière. Les autres variables d’ajustement sont dans la légende de la figure 3.

Tout le message de l’article tient dans cette figure 3.

Si on a du dialyser en urgence, on a plus de chance de mourir dans l’année qui suit que si on a pas dialysé. Pour les auteurs, c’est le résultat majeur. Ceci va contre le fait qu’on pense que la dialyse sauve la vie des gens. Ce résultat est robuste car il est ajuste sur les comorbidités à l’entrée. Ensuite la discussion n’est qu’une litanie contre la technique.

Les auteurs manifestement n’ont jamais eu à faire de la dialyse en urgence. Il est rare qu’on dialyse les gens juste pour le plaisir de mettre un cathéter et de voir tourner le sang dans le circuit extra-corporel. Leur ajustement ne veut rien dire. On ne peut pas comparer un patient avec 150 µmol/l de créatinine, où l’intérêt de la dialyse est nul, à un patient à 1000 µmol/l de créatinine en œdème aigu du poumon et anurique, que la dialyse va sauver. Ce travail dit juste que le fait de dialyser est un facteur prédictif de mortalité à un an. Il ne permet en aucun cas de dire c’est la dialyse qui tue comme les auteurs le sous entendent durant tout l’article et je ne parle pas de la reprise en 140 caractères. Cet article est franchement mauvais et peut conduire à des interprétations dangereuses.

Je demande juste aux auteurs de l’article et à tout ceux qui le trouvent formidable de participer à ma prochaine étude randomisée qui consistera à comparer hémodialyse en urgence contre traitement conservateur en cas d’hyperkaliémie anurique, d’OAP anurique ou d’une créatininémie à 1200 µmol/l après avoir éliminé bien sur les insuffisances rénales aiguës fonctionnelles et obstructives. Je rappelle juste cet article de 2003, qui montrait que de ne pas débuter la dialyse chez des patients octogénaires était associé à une diminution de leur espérance de vie (médiane de 29 mois contre 9 mois).

Le design de mon projet est directement inspiré de cet article.

Le big data c’est bien, mais son utilisation et son interprétation raisonnée, c’est mieux. Alors avant de vous laissez impressionner par des chiffres, lisez l’article original de façon critique et si vous ne connaissez pas le sujet demandez son avis à une personne avec un peu d’expérience. Parfois les reviewers font leur travail d’une drôle de façon.

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Les Hommes malades de la pathologie cardiovasculaire

Dans le NEJM du jour, vous pouvez lire un magnifique article sur le risque de survenue d’événements cardiovasculaires dans 17 pays en fonction de leur richesse. nejmoa1311890 nejmoa1311890_appendix(1)

Les auteurs ont distingué trois groupes de nations, riche (Canada, Suède et Émirats Arabes Unis), intermédiaire (Argentine, Brésil, Chili, Chine, Colombie, Iran, Malaisie, Pologne, Afrique du Sud et Turquie), pauvre (Bangladesh, Inde, Pakistan et Zimbabwe). Les chercheurs ont inclus 156 424 personnes dans un suivi observationnel prospectif de plus de 4 ans se focalisant sur la survenue des événements cardiovasculaires (infarctus du myocarde (IDM), AVC, insuffisance cardiaque, décès d’origine cardiovasculaire (CV) et les événements CV non majeurs). Les auteurs comparent aussi les populations en fonction de leur lieu de vie: urbain ou rural. Le risque cardiovasculaire est déterminé par le score INTERHEART qui repose uniquement sur des données d’interrogatoires ou d’examen clinique. Ce score va de 0 (risque faible) à 48 (risque fort). Les résultats sont ajustés pour l’age et le sexe. Dans les matériels et méthodes une phrase capitale est présente:

« Given the multiplicity of comparisons, P values should be interpreted cautiously, except when they are very small (e.g., P<0.001). »

Nous aimerions la lire plus souvent.

La simple lecture du tableau 1 est passionnante. Nous voyons se dessiner des populations différentes et les répartitions des facteurs de risque en fonction des pays et des sexes est très intéressante. Un exemple, l’obésité si dans les pays riches 25,6% des hommes et des femmes ont un BMI>30 (obèse), dans les pays intermédiaires c’est 14,4% des hommes et 21,6% des femmes et dans les pays pauvres on tombe à 4,9% des hommes et 11,6% des femmes. Les données sur le stress sont aussi amusantes avec 30% des riches qui déclarent des périodes de stress contre 10-12% des moins favorisés. J’ai du mal à imaginer qu’on est moins stressé au Pakistan qu’en Suède, mais bon ceux sont les résultats. Il faut lire ce tableau et vous découvrirez que le tabagisme fait des ravages chez les hommes des pays pauvres et intermédiaires.

Plus on est riche, plus on a un risque cardiovasculaire (INTERHEART) important (riches (12.89; 95% [CI], 12.79 à 12.98), intermédiaire (10.47; 95% CI, 10.43 à 10.50), et pauvre (8.28; 95% CI, 8.23 à 8.34) (P<0.001)) mais moins on meurt de pathologie cardiovasculaire (riche (2.43 décès pour 1000 personnes année de suivi), intermédiaire (5.59 décès pour 1000 personnes année de suivi), pauvre (9.23 décès pour 1000 personnes années de suivi). Il y a le même phénomène pour l’infarctus du myocarde et les événements cardiovasculaires majeurs. Par contre plus on est riche, plus on a des événements cardiovasculaires non majeurs (riche (3.69 événements pour 1000 personnes année de suivi), intermédiaire (1.72 événements pour 1000 personnes année de suivi), pauvre (1.10 événements pour 1000 personnes année de suivi)(P<0.001)).

NEJM riche et pauvreDeux autres résultats sont très intéressants, le risque de mourir quand on fait un événements cardiovasculaires (case fatality) est moindre quand on vit dans un pays riche (6,5%) que dans un pays intermédiaire (15,86%) ou pauvre (17,28%). Dans les pays intermédiaires, le « case fatality » est moindre quand on vit en zone urbaine comparée à une zone rurale, alors qu’il n’y a pas de différence pour les deux autres groupes de pays.

NEJM case fatalityCet article est le fruit d’un immense travail épidémiologique. Il montre une franche inégalité entre pauvre et riche. Nous pouvions nous en douter mais il a le mérite de donner des chiffres. Comment expliquer qu’avec une charge en facteurs de risque plus importante les riches ont moins de pathologies cardiovasculaires et en meurent moins? Je vois deux hypothèses.

  1. L’accès aux médicaments et aux soins en général prévient les événements, ceci est donc en faveur d’une politique de dépistage et de prise en charge agressive des facteurs de risque cardiovasculaire. On comprend mieux l’intérêt des généreux donateurs, philanthropes dont on voit la liste en fin d’article.
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  2. L’autre hypothèse est que nous ratons des facteurs de risque dans les pays les plus pauvres ou que nous surestimons le poids de certains dans les pays riches. Il est possible que l’exposition à des toxiques dans les pays les plus pauvres, ou à des infections puissent s’associer à une augmentation de la survenue des événements cardiovasculaires.

Les deux hypothèses ne s’excluent pas et à mon avis se combine. Pour la première, les résultats des analyses de case fatality sont en faveur du poids de l’intervention thérapeutique pour réduire la mortalité quand un événement survient. La différence entre urbains et ruraux dans les pays intermédiaires, va dans le même sens. Pour la deuxième hypothèse, il est amusant de regarder la cholestérolémie dans les différents pays (elle n’a pas été intégrée comme facteur de risque car manquant chez 25% des patients). Les riches ont plus souvent une hypercholestérolémie que les pauvres alors qu’ils prennent plus de statines. Et si l’hypercholestérolémie n’était pas un facteur de risque si important…

L’article ne permet pas de répondre à la question pourquoi ces différences? Il fait un état des lieux inquiétant pour les pays les plus pauvres. Je pense que l’accès aux soins en particulier pour la prise en charge des pathologies avérées (infarctus du myocarde) dégagent un bénéfice pour le patient. Il vaut mieux faire un IDM à Stockholm que la campagne pakistanaise.

Pour paraphraser la morale de la fable qui a donné son titre à cette note, je finirai ainsi:

Selon que vous serez riche ou pauvre,
L’accès au soin vous fera mort ou vivant.

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Comment twitter m’a aidé à la déconnexion

christ2014J’aurai pu passer des vacances connectées, à suivre fébrilement l’activité de twitter, des blogs, etc. J’étais bien parti pour. Le WiFi généralisé même de piètre qualité permet le maintien de la connexion. Heureusement, j’ai eu la bonne idée de tweeter ça.

Ces tweets m’ont valu un retour comme attendu fort amène et sympathique. J’ai mollement répondu et puis j’ai laissé tombé. Il était  plus intéressant de profiter de ma petite famille, de ces instants ensemble, loin de la pression du travail. J’en avais prévu, je n’ai rien fait, sauf regarder quelques mails. J’ai surtout lu, marché, nagé. J’ai réussi à lire tout ce qui était prévu et même un peu plus.

J’ai passé d’excellentes vacances loin de twitter, des blogs, avec Kafka, Melville, Mann et quelques autres.

montagne2014La tête dans les montagnes et les pieds dans l’adriatique.

lido2014Je remercie chaleureusement les personnes qui ont répondu de façon lapidaire et désagréable ou retweeté les réponses à ces tweets. Ils m’ont permis de façon bien involontaire de profiter de ces quelques semaines de paix, loin des réseaux, avant une rentrée qui s’annonce chargée.

lagune 2014

Note écrite avec l’aide de BFE

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L’acide indole 3-acétique et ses effets cardiovasculaires

La principale cause de mortalité au cours de l’insuffisance rénale chronique est la pathologie cardio-vasculaire (CV). Le sur-risque de mortalité cardio-vasculaire peut être multiplié par 100 pour les individus les plus jeunes. De nombreux arguments plaident pour le rôle critique de molécules s’accumulant avec l’altération du débit de filtration glomérulaire. Ces molécules sont les toxines urémiques. Parmi les toxines urémiques, celles liés aux protéines, comme l’indoxyl sulfate ou le para-crésyl sulfate, ont le vent en poupe. Je vous conseille cette excellente revue par Raymond Vanholder.

Une nouvelle toxine de cette famille fait son entrée dans les molécules avec un potentiel prédictif de survenue des événements cardiovasculaires au cours de la maladie rénale chronique, l’indole-3 acetic acid (IAA). Il s’agit d’une petite molécule dérivée du métabolisme du tryptophane.

Elle est bien connue des botanistes car il s’agit d’une auxine ou hormone de bouturage.

Une équipe française vient de publier un article sur les effets de cette toxine urémique au cours de l’insuffisance rénale chronique (ASN.2013121283.full) dans la revue avec le plus fort impact factor en néphrologie, JASN. Les auteurs montrent dans une cohorte de patients (120) à différents stades de la maladie rénale chronique que le taux d’IAA prédit le risque de survenue de décès et d’événements cardio-vasculaires à deux ans, après ajustement à de nombreuses variables et en particulier le stade de maladie rénale chronique. Ce qui veut dire qu’à niveau d’insuffisance rénale chronique identique si vous avez un taux d’IAA élevé (>3,73 µmol/l) votre risque de mortalité et de complications CV est plus important. Il s’agit de la première toxine urémique à présenter cette caractéristique. Elle rejoint l’indoxyl sulfate comme prédicteur de mortalité et si on croit ces auteurs le dépasse. Il faut noter que des contrôles sans insuffisance rénale ont un taux d’IAA supérieur à la médiane des IRC (3,73 µmol/l). Il n’y a malheureusement pas de données sur la survenue d’événements dans ce groupe. L’IAA pourrait avoir des effets chez les patients sans maladie rénale chronique. Il serait très intéressant de voir dans une grande cohorte de patients sans IRC si l’IAA a un potentiel prédictif sur les événements cardiovasculaires comme le TMAO par exemple. Je vous rappelle que récemment une équipe australienne à montrer que des augmentations même faible d’IS ont un impact vasculaire.

Après cette importante partie clinique, les auteurs proposent un mécanisme expliquant la toxicité de l’IAA sur le vaisseau. Ce groupe avaient montré l’année dernière que l’IS et l’IAA étaient des agonistes d’un facteur de transcription, AHR, le récepteur à la dioxine. Il montre par des travaux in vitro sur la cellule endothéliale que l’IAA est bien un agoniste d’AHR, qu’il va activer l’expression de la cyclo-oxygénase 2 (COX2), la production de prostaglandines pro-inflammatoires et augmenter la production de ROS. Ils montrent que la voie activée est non génomique passant par l’activation de p38 et des MAPK. L’inhibition d’AHR réduit la production des ROS induite par l’IAA et la production de COX2. Les auteurs proposent que l’augmentation de la mortalité associée à l’accumulation d’IAA est due à une dysfonction endothéliale secondaire à l’activation d’AHR par ce métabolite du tryptophane. Ils apportent de nouveaux arguments liant AHR et pathologie cardiovasculaire.

En résumé, l’IAA a un impact clinique et la cellule endothéliale pourrait être la cible expliquant les complications cardiovasculaires. L’IAA est proinflammatoire et prooxydant. Il reste à démontrer que la diminution de son taux circulant va prévenir les complications cardiovasculaires. Ceci est une autre histoire.

Cet article est important dans le domaine de l’insuffisance rénale chronique. Il identifie une nouvelle toxine avec un impact clinique, il confirme l’importance d’AHR comme médiateur des effets des toxines dérivées du tryptophane et il propose une voie d’intervention thérapeutique. Il est d’autant plus intéressant qu’il combine recherche clinique et recherche fondamentale, en apportant une dimension mécanistique à un domaine qui est souvent uniquement descriptif.

L’IAA pourrait être une vasculotoxine d’avenir. Nous attendons la confirmation des données de ce groupe par d’autres.

Note écrite avec l’aide de l’immense GSC.

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Semaine 31

Les fausses promesses du paiement à la performance sont remarquablement présentées dans cet article. Probablement le truc le plus intelligent écrit sur le sujet dans un média main stream. Je vous en conseille la lecture fortement, sa diffusion et sa conservation pour la prochaine fois où on vous parlera de cette vraie fausse bonne idée. Et pour enfoncer le clou, dans un autre domaine, le business, une excellente note du non moins excellent blog freakonometrics sur le mythe de payer pour avoir de la performance (en plus vous avez un peu de code en R).

Médecine

Lire le rapport sur les ventes de médicaments en 2013 est un grand moment. Je note que la visite médicale reste un outil magique pour vendre des molécules quand on voit le succès du Crestor. Pour le reste, on comprend mieux pourquoi les grandes surfaces se battent pour pouvoir vendre des médicaments chez eux.

Les probiotiques ingérés suffisamment longtemps en bonne quantité pourraient permettre de diminuer la pression artérielle. Une méta-analyse intéressante qui mériterait d’être confirmé par un belle étude multicentrique de grande envergure.

De l’intérêt des anticorps antiPLA2R pour suivre la réponse thérapeutique dans la GEM idiopathique.

Manger des fruits et des légumes pour protéger son cœur et améliorer sa survie (diminution de 5% par prise de la mortalité), une belle méta-analyse publiée dans le BMJ avec uniquement des études prospectives. Il y a des biais bien sur mais il sera difficile de faire mieux sur le sujet, sauf une étude interventionnelle, mais je n’y crois pas.

Dépistage de la polykystose rénale autosomique dominante avant 30 ans, il faut utiliser l’IRM avec un seuil de 10 kystes, entre 30 et 40 ans, il faut retenir 5 kystes, sensibilité et spécificité de 100%. Un papier utile en pré-transplantation avec donneur vivant apparenté.

Un très chouette papier italien qui suggère que le bon moment pour envoyer un patient avec une maladie rénale chronique voir un néphrologue pourrait être le stade 3b, avant il est probable que nous ne soyons pas très utiles. Je rajouterai que voir tout les patients avec une protéinurie abondante ou avec une cause non évidente de néphropathie me semble potentiellement utile.

Le préconditionnement ischémique n’est pas efficace pour prévenir l’apparition d’une insuffisance rénale aigue en post chirurgie cardiaque. Petite étude qui ne donne pas beaucoup envie d’aller plus loin, malgré la beauté du concept.

Prédire le risque de saignement digestif et cérébral sous anticoagulant grâce au calculateur Qbleed. De façon étonnante la fonction rénale n’apparait pas dans l’outil, tant mieux, on peut l’utiliser chez nos patients. A tester.

Science

En ce moment, j’adore la stéatose hépatique. Un article important vient nous montrer pourquoi la metformine pourrait limiter la stéatose hépatique. La metformine en inhibant l’entrée de thiamine par OCT1 limiterait le risque d’apparition de la NASH. Intéressant car il existe de nombreux polymorphismes d’OCT1 qui modifient l’action de la metformine. Il est facile d’imaginer que ces polymorphismes puissent protéger ou aggraver la stéatose hépatique en fonction de leur capacité à transporter la vitamine B1. Une belle illustration que les vitamines si elles sont indispensables peuvent avoir des effets qui le sont beaucoup moins en grosses quantités.

Article majeur en physiologie pulmonaire qui montre l’intégration de signaux circadien systémique (glucocorticoides) et locaux pour adapter au mieux la réponse inflammatoire locale. La chronobiologie est vraiment fascinante.

AHR et café, une bonne question mais un papier qui pose plus de questions qu’il n’apporte de réponse…

La sécheresse est terrible dans l’ouest des USA, la preuve en images avec le Lake Mead.

Divers

J’aime les néons.

Un petit conseil d’écoute jazzique, continent musique de la semaine dernière, Let Them Swing, les cinq émissions sont superbes, play list impeccable. SI vous aimez les musiques noires, vous écoutez les émissions de cette semaine avec billie Holliday, michael Jackson, james Brown, juste fabuleux.

Le fantôme du café.

Une belle définition de ce jeu débile.

Je suis vraiment un fan de Erdal Inci, Istanbul capitale des arts.

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Et le journal avec le plus fort impact factor en 2013 est ?

Ça y est le moment tant attendu est arrivé, l’impact factor ou facteur d’impact des revues scientifiques pour l’année 2013 est sorti. Il est calculé de façon assez simple: le nombre d’articles publiés en 2011 et 2012, cités en 2013 est divisé par le nombre d’articles publiés en 2011 et 2012. Par exemple en 2011, ma revue a publié 19 articles, en 2012: 25, en 2013 mes articles de 2011 ont été cités 4228 fois, ceux de 2012, 2922 fois, l’impact factor de ma revue est de 7150/44 soit 162,5 et je suis l’éditeur qui a le plus de nez du petit monde des revues scientifiques. L’IF est fourni par le Journal citation reports.
Pour ceux qui ne connaissent pas, l’impact factor est devenu le couteau suisse de la bibliométrie. Il sert un peu à tout, classement de la renommée des revues (son but initial), classement des chercheurs (si tu publies dans une bonne revue, tu es bon, sinon tu es naze), classement des structures, etc. Il est devenu l’alpha et l’oméga de l’évaluation en sciences. On peut le regretter, le déplorer mais c’est la réalité. Tout le monde regarde l’impact factor de la revue et pas forcément ce qu’il y a dans l’article. Pour le recrutement des hospitalo-universitaires, un pré-requis est la publication en premier ou dernier auteur d’un nombre donné d’articles originaux, disons 5, dans des revues avec un impact factor minimal, disons 3. Pour être recruté, il faut être visible et pour être visible, avoir publié dans des revues avec un IF minimal… Comme vous le voyez, l’impact factor est important pour les chercheurs et pas uniquement pour les éditeurs.
Quel est le journal avec le meilleur IF ? NEJM, Lancet, Nature, Cell, Science, une revue de physique que je ne connais pas, une revue d’archéologie ? Et bien non, c’est un journal que je ne lis jamais. Il s’agit du CA: A Cancer Journal for Clinicians. Il a un impact factor de 162,5, pour vous donner une idée du niveau, le NEJM, la revue biomédicale la plus prestigieuse est péniblement à 54, Nature à 42. Il y a lui et les autres. Vous avez le top 20, là.

IFtopscoreVous remarquerez que parmi les 20 journaux, 10 publient des revues de la littérature et non des articles originaux.
La deuxième chose que j’ai faite est d’aller voir le classement en néphrologie. Nous sommes classés avec les urologues.

IF par catégorie uro nephroBon c’est comme ça, JCR aime bien mélanger les torchons et les serviettes. Vous remarquerez par contre qu’il sépare le cœur et les vaisseaux. Les découpages de champs scientifiques sont assez mystérieux.

catégorie cour vaisseauIci la serviette est urologique car l’European Urology est la seule revue à dépasser un IF de 10. Il faut féliciter la société européenne d’urologie, car il est rare qu’une revue européenne dépasse les américaines. Pour les néphrologues, la meilleure revue est JASN, sans surprise. Le top 20 est là, 5 revues ne publient que des revues de la littérature.

IFtopscoreuronephro2013Je finirai avec la revue qui s’attire régulièrement les foudres de Hervé Maisonneuve, PLOS one. On annonçait une dégringolade de son IF. Elle le maintient au dessus de 3,5 ce qui est plutôt bien, malgré une érosion depuis 5 ans. Je crois qu’elle a trouvé son rythme de croisière et le maintien à ce niveau me parait raisonnable.

ploone IF2013
Vous pouvez aussi vous amuser à sortir les journaux par pays, voici le top 10 en France, nous ne sommes pas de grands éditeurs de journaux scientifiques, une faiblesse certaine…

france IFIl est indispensable de tenir compte de l’impact factor de la revue dans laquelle on veut publier. C’est important pour plusieurs raisons.

En terme de carrière, il est indéniable qu’avoir un NEJM est un plus. Pour les oncologues je ne sais pas ce que signifie le CA. En terme de transmission du savoir, publier dans un bon journal vous permettra de faire connaitre votre découverte plus facilement et d’augmenter son audience au delà du cercle des spécialistes. Pour votre champs de recherche, publier dans un journal avec un bon IF, le place en vue et facilitera les demandes d’argent. En terme de crédibilité pour nouer des relations avec des collègues, on vous fera plus confiance si vous avez publiés dans la meilleure revue de votre spécialité que dans la dernière.

L’impact factor est un tyran. Il oriente la science, il donne un pouvoir important aux éditeurs des revues prestigieuses, sa construction est parfois boiteuse, on pense que seulement un quart des articles tirent l’impact factor vers le haut. Quand on voit CA devant le NEJM, c’est un peu risible quand même. Certains papiers profitent du prestige du journal alors qu’ils n’amènent pas grand chose. Malgré ses limites, il reste un outil utile.

Il ne devrait pas résumer l’évaluation mais s’intégrer avec d’autres critères. Ce n’est pas l’IF qui est le problème à mon avis, c’est la course à l’évaluation. On évalue à tort et à travers, tous les quatre matins. Il est logique que les évaluateurs à qui on laisse de moins en moins de temps choisissent la facilité et regardent la liste de publications et l’IF des revues. Ceux ayant un peu réfléchi à la bibliométrie regardent le classement dans la spécialité, les autres le chiffre brut.

JASN dans la speTant que nous serons dans une « évaluite » à la petite semaine sans laisser du temps aux examinateurs, on aura la dictature de l’IF, autres facteurs H et j’en passe. Le problème n’est pas l’outil mais celui qui le tient. Alors amusez vous bien avec l’IF.

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« In a hole in the ground there lived a hobbit” JRR Tolkien

Il y a 60 ans, le 29 juillet 1954, le premier tome du seigneur des anneaux était publié. Ce monument de la littérature mondiale a été traduit en français en 1972-73, la traduction est toujours sujette à des discussions sans fin des Tolkienophiles. J’ai lu trois fois, l’opus magnum de JRRT. J’ai chaque fois eu un immense plaisir et découvert un nouveau niveau de lecture.

Le début de l’histoire de l’anneau remonte, du moins pour l’irruption des hobbits, à la première œuvre romanesque publiée de JRRT, le Hobbit. Ce livre est paru en 1937 et a été revu à deux ou trois reprises par Tolkien. Il raconte les aventures de Bilbo et la redécouverte de l’anneau. Il a fait l’objet d’une nouvelle traduction (Daniel Lauzon) en français, publiée en 2012.

Je viens de la finir dans une superbe version, le Hobbit annoté. La traduction est très agréable, en particulier pour les chansons et poèmes. Elle m’a permis de redécouvrir avec bonheur les aventures du hobbit en quête d’or. Les annotations sont passionnantes pour comprendre comment on arrive à écrire un monde aussi cohérent que celui des terres du milieu. Tolkien était un scientifique et il a abordé son monde comme un scientifique, le talent et le travail on fait le reste. Il s’agit d’un très bel ouvrage que je conseille vivement à ceux qui n’ont pas encore lu ou relu le Hobbit.

J’ai réalisé qu’il n’y avait pas aucun personnage féminin dans le Hobbit. La raison en est donnée dans une annexe pour le coup inédite en français la quête d’Erebor. Il s’agit des explications de Gandalf sur les dessous de l’affaire Thorin contre Smaug. Une phrase explique le choix de Bilbo, il n’est pas marié malgré son age et sa fortune. La femme, dans l’esprit de Tolkien, est un obstacle à la conduite d’une aventure. Il est resté un enfant. Il parait logique qu’aucun personnage féminin ne vienne interférer avec la marche de la compagnie vers la Montagne.

Pour tous ceux qui aiment la fantaisie, il faut lire le Hobbit dans sa version annotée, vous découvrirez l’origine de beaucoup de vos héros, de leurs comportements. Les annotations sont d’une richesse inouïe montrant à quel point JRR ancre sont récit dans l’imaginaire occidental. Avec ses œuvres, il ne fait que poursuivre les sagas islandaises, Beowulf et bien sur la légende arthurienne. Concernant cette dernière, je vous conseille la version d’inspiration Oulipienne (Delay-Roubaud), Graal Théâtre (un échantillon ici). Sinon la lecture des sagas islandaises, vous replongera dans l’ambiance du seigneur des anneaux, au moins pour la passion et l’importance des noms. Pour savoir ce que devienne les dieux, il vous faudra lire American Gods de neil Gaiman. Enfin, pour comprendre que ces cultures dites populaires sont des invariants culturels majeurs et que loin de les mépriser, il faut les prendre très au sérieux, je vous conseille la lecture, d’un livre majeur de Georges Dumézil: Loki.

Happy Lord of the Rings day.

 

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Semaine 30

Médecine

J’aime la génétique, j’aime l’idée que grâce au génotypage nous pourrons mieux soigner, prévenir et pourquoi pas guérir. La médecine dite personnalisée fait rêver, patients, décideurs, investisseurs, médecins. On nous promet le grand soir de la prédiction depuis bien 10 ans. La réalité est malheureusement moins glamour que les fantasmes vendus. Une belle illustration des limites de l’intérêt de la pharmacogénomique est celui des AVK. Il est difficile chez certains patients d’obtenir un bon équilibre de l’INR. Les gènes impliqués dans la variabilité de la réponse ont été identifiés. Il était tentant d’imaginer qu’une prescription adaptée aux données génétiques permettraient de faire mieux qu’une prescription à l’aveugle. Une méta analyse du JAMA internal medicine montre que malheureusement ce n’est pas le cas. La stratégie utilisant les données du génotype n’améliore pas une approche clinique pure. Je ne vois aucune raison de proposer la recherche de SNP dans VKORC1 ou CYP2C9. Cet article nous montre sur un problème relativement simple l’inefficacité de l’approche pharamacogénétique actuellement. Comment l’expliquer? Pas assez de gènes étudiés ou de SNP, d’autres facteurs plus puissants que la génétique pour expliquer la variabilité, etc. Il ne faut pas désespérer mais quand je vois des articles prédisant que la médecine personnalisée va régler tous les problèmes en deux coups de cuillères à pot, je ris.

De la beauté de la génétique en population isolée, l’exemple du Groenland avec le diabète de type 2 et le gène TBC1D4.

Le givre d’urée (uremic frost) un signe clinique d’insuffisance rénale chronique terminale que nous ne voyons plus en occident. Pour ne pas oublier, cette image tirée d’un article indien. Les petits dépôts blancs qui ressemble à du givre sont composés d’urée.

givre d'urée

Un papier qui va faire du bruit et qui va être responsable d’une épidémie d’articles dans les 5 ans qui viennent. Les auteurs de cette méta-analyse ont découvert un lien entre hépatopathie non alcoolique grasse (NAFLD) et maladie rénale chronique. Il s’agit d’un lien statistique assez fort qui doit pousser les gastro-entérologues à évaluer la fonction rénale et la protéinurie de leurs patients. Je ne sais pas si le lien physiopathologique allégué dans l’article est vrai. Je le trouve un peu fumeux, deux anomalies fréquentes sont associées, bon OK, reste à comprendre le lien et démontrer que traiter l’une ou l’autre a un impact. L’accouchement de la publication a été douloureux presque un an entre la première soumission et l’acceptation. Je vous conseille l’éditorial qui accompagne l’article, il explique bien les risques d’une médicalisation de deux entités qui posent questions. En tout cas, si vous n’avez pas de sujet de recherche, vous lancer la dedans en y mettant un peu de microbiome me parait plein d’avenir.

Place de l’épuration extra-rénale dans l’intoxication aux barbituriques.

Éviter les erreurs de dosage, juste en passant au système métrique. On ne répétera jamais assez à quel point le bon outil de mesure est indispensable en médecine.

Traitement initial du syndrome néphrotique de l’enfant, 2 mois de traitement pas inférieur à 6 mois. Il faudrait essayer ça chez l’adulte.

Augmenter le HDL cholestérol est inutile, pas d’impact sur la survie et les événements coronariens, un mauvais argument pour l’utilisation des fibrates. Une belle preuve que l’observationnel ne propose que des pistes qui doivent être testées rigoureusement.

Une bonne revue sur les effets indésirables rénaux de quelques drogues récréatives comme le MDMA ou la cocaïne. Devant toutes insuffisances rénales ou hyponatrémies penser à poser la question prenez vous une drogue.

Le suicide assisté en chiffre.

Il est des articles dont tu ne sais pas quoi penser. Cet article sur la préeclampsie fera date ou va être infirmé rapidement. Il a été montré  que le PlGF est un critère majeur dans le diagnostic de la préeclampsie entre la 20é et 35é semaine d’aménorrhée dans un très beau papier de recherche clinique. Les auteurs proposent que le placenta des patientes avec une préclampsie produit plus de secretases que normalement. Ces enzymes vont modifier la structure de certaines protéines qui passent dans les urines. Ainsi ces protéines mal-conformées vont être détectable dans les urines avec un test simple reposant sur l’utilisation du bon vieux rouge congo. Le test est très efficace dans le diagnostic mais aussi la prédiction du risque de survenue de PE. Ce papier est déjà le papier de l’année dans le domaine, il est même un peu trop parfait. Attendons la validations de l’utilité du test avant de nous emballer.

Le NEJM de la semaine, nous fait rêver et dans le même temps fournit l’antidote à nos rêves. Un article qui fera date d’une équipe française montre que dans le syndrome des antiphospholipides, il existe une activation endothéliale de la voie mTOR et qu’un traitement par inhibiteur de cette voie pourrait prévenir certaines complications en particulier rénales. Il s’agit peut être d’une avancée majeure dans cette maladie si difficile à prendre en charge. L’antidote est dans le même numéro, il apparait sous la forme d’une lettre, bien que pour la pratique, les informations contenues sont essentielles. L’utilisation des robots en chirurgie est à la mode, très à la mode. On prête à ces machines toutes les vertus. Elles justifient que les hôpitaux dépensent des fortunes pour en acquérir. Ces promesses reposent sur des études ouvertes, rétrospectives, sans randomisation, sur de la science un peu molle quoi. Une équipe américaine a mené une étude randomisée comparant chirurgie classique et utilisation du robot pour des cystectomies radicales. L’objectif principal était les complications périopératoires. Il n’y a pas de différence significative entre les deux approches. Sur la durée de séjour à l’hôpital, pas de différence, par contre les patients opérés par le robot passent en moyenne 2 heures de plus en salle d’opération en saignant un peu moins. Ce travail va contre un intérêt majeur de ces machines sauf en terme de gadget ou de produit d’appel. L’idée de passer 2 heures de plus ne m’inciterait pas à choisir cette option chirurgicale. Ce papier nous rappelle qu’avant d’adopter une stratégie thérapeutique, il faut confirmer son intérêt par des essais randomisés. Avant de vous jeter sur le sirolimus pour traiter les SAPL, incluons les dans une belle étude randomisée en double aveugle.

Science

A quoi ça sert d’avoir des bactéries dans son tube digestif? Un bel exemple avec ce rongeur qui mange des toxiques.

La bilirubine, un néphroprotecteur? Peut être en tout cas cette revue extensive le suggère. Je ne suis pas convaincu par tout mais je pense qu’il va être de plus en plus difficile de passer des papiers stress oxydant au cours de l’insuffisance rénale chronique sans la donnée bilirubine non conjuguée.

Tout savoir sur la carbamylation des protéines grâce à ce très bon article d’AJKD, ou quand l’urée se dégrade en cyanate pour  modifier les fonctions de nos protéines.

Divers

Je vous conseille ces trois minutes d’intelligence sur notre société si étrange, ça parle de lenteur, de vitesse, de fait divers, brillant.

Mot de la semaine

Et pour finir

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